A Fraknói Kutatócsoport vatikáni kutatásainak egyik kiemelt fókusza a késő középkori és kora újkori szentszéki–magyar kapcsolatok vizsgálata. Ebből kifolyólag az ötszázéves mohácsi csata előzményei, következményei és emlékezete, valamint a csata története kapcsán is alapvető fontosságú kutatásokat végeztek a Kutatócsoport munkatársai az elmúlt években.
A szisztematikus vatikáni forrásfeltárás eredményei elsősorban az 1526 előtti évtizedek kapcsán születtek meg, az ezeket közlő Collectanea Vaticana Hungariae-kötetek (pl. CVH I/1, I/10, I/12, I/16) mára a témával és a korszakkal kapcsolatos tudományos diskurzus fontos munkáivá váltak. A Kutatócsoport és a Collegium Professorum Hungarorum nagy vállakozása továbbá az idei 500. évfordulóra megjelenő Püspöklexikon, amely a Mohács előtt magyar főpapok életét és működését, illetve az egyes egyházmegyék történetét és Mohács előtti állapotát mutatja be. E téma köré szerveződött meg a nyár elején a XII. Fraknói Nyári Akadémia is Pécsett, illetve 2020-ban utólagos megtekintések terén is népszerű kerekasztal-beszélgetésnek adott helyet a VI. Fraknói Nyári Akadémia C. Tóth Norbert, Varga Szabolcs és Kanász Viktor részvételével.
Emellett 2025 nyarán a Székesfehérváron megrendezett kétnapos, a Sárváron szervezett és szintén kétnapos, illetve az MTA székházában tartott novemberi, valamint a decemberi pécsi Mohács-konferenciákon a Kutatócsoport tagjai, Fedeles Tamás, Nemes Gábor, Kruppa Tamás, Kanász Viktor, Nagy Katalin és Sági György mutatták be a mohácsi csata egyháztörténeti vonatkozásaival kapcsolatos kutatásaikat. Fehérváron a Kutatócsoport vezetője, Tusor Péter szekcióelnökként külön is kitért e kutatások átfogó jellegére és úttörő voltára, s több példán keresztül szemléltette ezek fontosságát. Az előadások írott változata két tanulmánykötetben (egy székesfehérvári, illetve egy sárvári kötetben), valamint a Hadtörténelmi Közlemények legújabb, Mohács-különszámában olvasható.
A Kutatócsoport szervezőként közreműködött, s tagjai rendszeresen részt vettek a 2016 óta zajló Mohács-konferenciákon (pl. 2022-ben, 2023-ban és 2024-ben is), melyek eredményei – köztük összesen 11 tanulmánnyal a Kutatócsoport tagjaitól – a Martin Opitz Kiadó gondozásában évről évre megjelentek, s ma egységes díszkötésben is napvilágot láttak. Mindemellett az eredmények disszeminációja érdekében az elmúlt években Fedeles Tamás, Nemes Gábor, Kruppa Tamás és Kanász Viktor több tudományos és ismeretterjesztő előadást is tartott, illetve tanulmányt jelentetett meg, vagy adott interjút a csata egyháztörténeti és vatikáni vonatkozásairól.
Végül fontos kiemelni, hogy több kézirat van már kiadás alatt, melyek az évforduló jövő augusztusi lezárásáig látnak napvilágot, s a Kutatócsoport honlapján elérhetők lesznek. E kutatások többek közt kitérnek a korabeli püspökök és káptalanok bandériumállítási szokásaira, a pápaság diplomáciai lépéseire, illetve konkrét pénzügyi és katonai segítségnyújtására, Velence külpolitikájának hatásaira, Burgio nuncius, illetve Tomori Pál szerepére és emlékezetére, II. Lajos halálának körülményeire és az 1926-os évforduló vatikáni vonatkozásaira is.
Mindennek köszönhetően reményeink szerint nem csak a szűkebb tudományosság, hanem a szélesebb körű érdeklődő közönség számára is egyértelművé vált, hogy a Magyar Királyság korszakbeli históriája, illetve maga a mohácsi csata sem érthető meg és mutatható be a maga teljességében az egyháztörténeti, s ezen belül is a vatikáni nézőpont révén. Mindez pedig nem csak a mai 500. évfordulóra, hanem az egész korszakra érvényes.